האמת היא שהאזור אליו ברחו החשמונאים לאחר פרוץ המרד במודיעין, לא מופיע באופן מפורט במקורות. בספר מקבים א ואצל יוסף בן מתתיהו מוזכר שברחו ל"הרים" ול"מדבר" ובספר מקבים ב מסופר על יהודה ואנשיו שהיו מסתובבים ונכנסים בסתר "אל הכפרים". החוקר הידוע מיכאל אבי-יונה הציע שהאזור אליו ברחו היה להרי גופנא, והצעה זאת התקבלה והשתרשה עד כי קשה להאמין שהשם "הרי גופנא" הוא מושג גיאוגרפי מודרני שאינו מופיע כלל במקורות עתיקים. הרי גופנא הם ההרים המבדילים בין הרי יהודה להרי שומרון, בין כביש 443 ונחל מודיעים בדרום לבין נחל שילה בצפון.
להצעתו של אבי-יונה ישנם מספר נימוקים. העובדה שמיד עם מות מתתיהו לאחר הקרב הראשון קברו החשמונאים את אביהם במודיעין, מלמדת על קירבתם למודיעין. בנוסף, ע"פ יוסף בן-מתתיהו יהודה ואנשיו חזרו לטופרכיית גופנא (מסביב לכפר ג'יפנא מצפון לבית-אל של ימינו, בלב הרי גופנא) לאחר קרב בית-זכריה, ולכן ניתן להניח שגם בשלב המוקדם של המרד הם הסתתרו שם. גם מבחינה טופוגרפית האזור מתאים כמקום למקלט – השלוחות המבותרות מקשות על הגישה, ישנם מערות ונקיקים רבים המאפשרים מסתור, ומראשי הגבעות אפשר להשיג תצפית טובה לעבר השפלה.
אולם הנימוק המרכזי להעדפת הרי גופנא כמקום המסתור של החשמונאים הוא המרכזיות של האזור וסביבתו הקרובה בתיאור מהלך הקרבות של יהודה המקבי. שלושת הקרבות הראשונים של יהודה המקבי התרחשו במרחב שבין אמאוס-לטרון ומעלה בית-חורון מדרום והשומרון ומעלה לבונה בצפון, או בעצם בצמוד לגבולות של הרי גופנא. הכוחות היווניים רצו להכות בחשמונאים בבסיסיהם ולכן התקרבו אליהם, אך החשמונאים הכריעו אותם פעם אחר פעם. גם יותר מאוחר, בקרבות האחרונים של יהודה יש עדויות ברורות במקורות לכך שהבסיס היה בהרי גופנא.הקרבות התרחשו גם הם בגבולות של אזור זה- פעם בבאזור גבעון וחדשה ופעם באזור בארה- העיירה אל-בירה הסמוכה לרמאללה של ימינו, שם נהרג יהודה המקבי.
אזור הרי גופנא לא נבחר סתם כמקום המקלט של יהודה המקבי, אלא מדובר באזור שהיה בו עורף גדול אוהד ומסייע. ממפות התפוצה היישובית של הסקרים הארכיאולוגיים שנעשו באזור ניתן ללמוד כי היתה שם פריחה יישובית עצומה בתקופה השלטון היווני ובתקופת החשמונאים. באזור מבותר זה, אזור בו השלוחות צרות מאוד ולא ניתן להקים ערים או עיירות גדולות, נתגלו מעל 100 אתרים שונים בהם נמצאו ממצאים שתוארכו לתקופה זו, אחת מתקופות השיא של האזור בכל הזמנים. כלומר מדובר על יישוב כפרי צפוף ביותר באזור הרי גופנא. אם-כן האזור היווה מקלט בטוח לא רק בשל הטופוגרפיה המיוחדת ודרכי הגישה הקשות לאזור, אלא גם משום שבאזור היו כפרים רבים, שכנראה הגישו סיוע למורדים במסתור, בחבירת לוחמים לצבא החשמונאי, ואולי אף בכלכלה ומימון.
ואכן, כאשר חלק מאוכלוסיית האזור לא שיתפה פעולה עם המורדים ואף סייעה ליוונים בהסגרת הלוחמים לאחר מות יהודה המקבי, אזור זה הפסיק לשמש כמקלט בטוח, ויונתן, שהחליף את יהודה כמפקד הכוחות, נאלץ לברוח יחד עם כל הצבא החשמונאי למדבר יהודה. היוונים עדיין חששו מהאוכלוסיה היהודית שנותרה באזור כפוטנציאל של אוכלוסיה מתמרדת, ובמקורות מתואר כי המצביא היווני באקחידס הקיף את האזור בערים מבוצרות, ואף שיכן שם נוכרים כדי להבטיח שקט לשלטון. היות האזור מרכז של התיישבות יהודית גדולה, הוא שהביא, לאחר שנים רבות, את סיפוח שלושת הפלכים ליונתן, לאחר שנחתם הסכם שלום בינו לבין היוונים ונסתיים המרד. הן היהודים והן השלטון היווני ראו אזור זה כאזור יהודי, ולא היססו לצרפו רשמית לתחום מדינת יהודה החשמונאית.
אולם מה שמדהים יותר מכל זה, זו העובדה שאזור הרי גופנא לא תמיד היה מלא ביהודים. יותר נכון, אזור זה היה אזור חרב מאות שנים קודם לתקופה החשמונאית, עוד מאז שממלכת ישראל נכבשה ע"י השלטון האשורי, והתושבים גלו ונטשו את מקומות יישוביהם. מן התקופה הקודמת לתקופה היוונית, תקופת השלטון הפרסי בארץ ישראל, נמצאו בסקרים הארכיאולוגיים רק 22 אתרים בכל מרחבי הרי גופנא, פחות מחמישית ממה שהיה בתקופת החשמונאים. האזור היה שמם כמעט לגמרי ואין שום עדות במקורות לחיי יצירה באזור זה.
אז מהיכן הגיעו כל הכפרים היהודיים לאזור הזה? איך הפך המקום להיות חלק מיהודה, אם תמיד הוא היה שייך לתחומי השומרונים? מחקר חדש שערך אהרן טבגר מאוניברסיטת בר-אילן מגלה כי דווקא העובדה שהמקום ננטש לגמרי ולא יושב ע"י שומרונים לאחר הכיבוש האשורי, הפכה את המקום לאזור תפר בין יהודה המתחדשת לבין האוכלוסיה השומרונית החדשה. מהצלבת המקורות ההיסטוריים והמידע הארכיאולוגי הסיק טבגר כי שבי ציון שבאו עם עזרא ונחמיה התחילו להתפרש על השטח הנטוש בתהליך הדרגתי, תהליך המכונה במחקר "תהליך בתר-חורבני", ואט אט צצו להם כפרים יהודיים חדשים, כפרים שהיוו את העורף החזק של הצבא החשמונאי, ובזכותם טיהרו היהודים את המקדש וזכו להקים מדינה יהודית למשך זמן לא מועט.